AFP ehk alfafetoproteiini kliiniline tähendus sõltub kontekstist, milles seda mõõdetakse. Siin on mõned AFP peamised kliinilised tähendused:
1. Seerumi AFP sisalduse tuvastamine lastel: suurenenud AFP sisaldus maksavähi, hepatoblastoomi, sugunäärmete oblastoomi, hepatiidi jne korral.
2. Seerumi AFP sisalduse tuvastamine täiskasvanutel: AFP sisaldus suureneb 60–70 protsendil primaarse maksavähiga patsientidel, samuti munandivähi, munasarjavähi, pahaloomulise teratoomi, kõhunäärmevähi, maovähi, soolevähi ja kopsuvähk.
3. Healoomuliste maksahaigustega, nagu äge ja krooniline hepatiit ja tsirroos, patsientidel tõusis seerumi AFP tase erineval määral, kuid enamik neist oli alla 1000 ug/L, mis oli seotud maksarakkude nekroosi ja regeneratsiooni astmega.
4. AFP tõus healoomuliste maksahaiguste korral on mööduv ja kestab 2-3 nädalat. Pahaloomulised kasvajad on pidevalt suurenenud. Seetõttu ei saa seerumi AFP sisalduse dünaamiline jälgimine mitte ainult eristada healoomulist maksahaigust pahaloomulisest maksahaigusest, vaid ka diagnoosida maksavähki varajases staadiumis.
5. Füsioloogilistes tingimustes sekreteerivad alfa-fetoproteiini vastsündinud naiivsed hepatotsüüdid, samas kui loote hepatotsüüdid ei ole täielikult välja arenenud (diferentseerunud). Sekreteeritava alfa-fetoproteiini hulk on suur, mis võib nabaväädivere kaudu sattuda ema verre, nii et rasedad naised on raseduse ajal alfa-fetoproteiini suhtes positiivsed.